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Proximo(TM)Hi-Cゲノムスキャフォールディング / ProxiMeta(TM)Hi-Cメタゲノムデコンボリューション

ProxiMeta(TM)Hi-Cメタゲノムデコンボリューション受託解析サービス
Phase Genomics社(アメリカ)独自の Proximo(TM)Hi-Cメタゲノムデコンボリューション受託解析サービスは、ショットガンおよびHi-Cシークエンスを組み合わせることで、多数の生物が含まれる混合サンプルから、同一細胞内に存在したDNA毎にアセンブルを行います。得られた完全/ほぼ完全な配列をデータベースに照合し、種の同定を行います。新規生物ゲノムについても、アセンブルを行い、近縁種を特定し、新種として同定します。


特長

混合サンプルを培養せずに解析可能
種/株特異的なアセンブリ: プラスミドおよび宿主生物の関係性も同定
ショットガンシークエンスにより得られたドラフトアセンブリを、Hi-Cシークエンスによりデコンボリューション
既知および新規生物に対応


解析の流れ

In vivo クロスリンクは、染色体間およびプラスミド-ゲノム間の相互作用を含むDNAの接点をトラップします。このクロスリンクは、in vivo で実施されるため、細胞間の相互作用は無視されます。
クロスリンク部位を断片化し、近接する末端をライゲーションすることで、同一細胞に由来する配列間のキメラ接合を作製します。これらの接合をペアエンドシークエンスし、近接シグナルを利用して各細胞にシークエンスを分類します。
シークエンスを種および株に特異的なクラスターでグループ化することによって、メタゲノムを再構築(デコンボリュート)します。複数の染色体ゲノムのアセンブルも可能で、プラスミドを宿主生物に割り当てることが出来ます。


サービスの紹介


ProxiMeta(TM)Hi-Cメタゲノムデコンボリューションは、メタゲノムサンプルから各細胞に由来する複数のDNAシークエンスを正確に同定する独自の能力を持っています。この能力は、新規で培養不能な微生物を含んだ混合集団から完全な(またはほぼ完全な)ゲノムの再構築を可能にしています。

【コンティグからゲノムへ】

Hi-Cの近接データとメタゲノムシークエンスを組み合わせることで、ProxiMetaは、どのDNA配列が物理的に同じ細胞内に存在していたかを in vivo で同定し、その情報を基にコンティグを割り当てることで、混合サンプルを種および株レベルに再構築(デコンボリュート)します。

【株、種、属】

ProxiMetaは、より深いレベルでより特異的になる様にグループ化することで、反復的にコンティグを階層的にクラスター化します。このクラスタリングの階層は、コミュニティーの構成員のタキソノミーを反映し、サンプル集団を最も正確に表します。
【サンプルレポート】

再構築(デコンボリュート)の後、ProxiMeta
TMは、各ゲノムアセンブルの完全性、コンタミネーション/ミスクラスタリングのレベル、サンプル内の各微生物のアバンダンスを推定します。また、各アセンブルゲノムをグローバルデータベースと比較し、各ゲノムのアイデンティティ(新規ゲノムの場合はその近縁種)を見出します。



ご提供いただくサンプルおよび情報


Draft assembly(FASTA形式)
お持ちでない場合には、オプションでショットガンシークエンスにも対応しております。
固定済みサンプル
例)微生物ペレット:50μL
*生物種によっては、輸出・輸入制限がある場合がありますこと、予めご了承ください。


ProxiMeta(TM) Hi-Cの資料


Phase Genomics ProxiMeta フライヤー



受託サービスの流れ


フィルジェン(株) バイオサイエンス部 受託解析センター

【解析内容の打ち合わせ】
ご希望とする内容をご連絡ください。(E-mail: biosupport@filgen.jp)
内容を確認後、お見積り、必要サンプル量、固定方法に関するガイドライン等の情報をご連絡いたします。

【解析サンプルの送付】
弊社宛に、固定済みサンプルとQCシートを併せてご送付ください。
送付された内容物とQCシートの内容が一致するかを弊社で確認し、弊社からPhase Genomics社(アメリカ)にサンプルを送付します。

(送付先)フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託2グループ
      〒459-8011 愛知県名古屋市緑区定納山一丁目1409番地
      Phone 052-624-4388

(費用についての注意点)
本サービスは、海外の業務提携先において解析を行うため、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ずキャンセルされる場合には、要した実費をご請求させて頂きます。

(注意点)

サンプル発送は、必ず「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバック等に入れてください。
*弊社営業日・営業時間は、土日祝祭日や年末年始などを除く、平日9時〜18時までとなっておりますので、サンプルの弊社到着日にご注意ください。また、休日をはさまない様にご発送ください。
サンプル送付の際には、受託解析サービスQCシートを同封してお送りください。同シートが同封されていない、または、ご記入漏れがある場合、解析サービスの着手が遅れる場合がございますので、ご了承ください。
  お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。
ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では、一切の責を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

Phase Genomics社

【サンプル調整および次世代シークエンシング解析】
ご送付頂いたサンプルからライブラリー調整を行い、シークエンスデータ(Hi-Cデータ)を取得します。

【バイオインフォマティクス解析】
ご提供頂いたドラフトアセンブリと、Phase Genomics社にて取得したHi-Cデータから、デコンボリューションを行います。各ゲノムアセンブルの完全性、コンタミネーション/ミスクラスタリングのレベル、細胞内の各微生物のアバンダンスを推定します。また、各アセンブルゲノムをグローバルデータベースと比較し、各ゲノムのアイデンティティ(新規ゲノムの場合は、その近縁種)を見出します。

【解析データのご報告】
アセンブル結果をHDD/USBに収録し、ご報告いたします。


価格

サービス内容 数量 税別単価 Cat.#
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