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次世代シークエンシング
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受託解析サービスの流れ
QCシート
対応アプリケーション
遺伝子パネル解析
- エクソームエンリッチメント
- Disease Panels
- カスタムターゲットエンリッチメント
トランスクリプトミクス解析
- RNA-Seq
- tRNA-Seq
受託解析サービス
- tRF&tiRNA-Seq
受託解析サービス
エピゲノミクス解析
- ChIP-Seq
- ヒト全ゲノムメチル化
- smallRNA-Seq
- lncRNA-Seq
- (h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter
ゲノミクス解析
- ヒト全ゲノムシークエンシング
- 新規ゲノム
- ゲノムリシークエンシング
- PacBio RSU ロングリード
メタゲノム解析
- メタゲノム
- 微生物ゲノムアンプリコン
Hi-Cシークエンス解析
- Proximo Hi-C Genome Scaffolding
- ProxiMeta Hi-C Metagenome Deconvolution
  
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次世代シークエンシング(次世代シーケンシング)サービス

フィルジェンでは、今、最も注目を集める最先端テクノロジー、次世代シークエンシング受託解析サービスをご提供しております。
信頼性の高い海外サービスプロバイダーと業務提供し、幅広い充実したサービスをご提供しています。
豊富なアプリケーションに対応できる様に、illumina NovaSeq6000, illumina HiSeq X Ten, illumina HiSeq 4000/2500、illumina MiSeq、NextSeq500、PacBio RSUなど、複数の次世代シークエンサーをご用意しております。
ワールドスタンダードとなった次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア”CLC Genomics Workbench(CLC bio社)”も販売いたしております。
 


対応アプリケーション

■遺伝子パネル解析

Novogene社
エクソームエンリッチメント
受託解析サービス
エクソン領域をターゲットとしたエンリッチメントキットを使用し、その領域における多型や変異を検出することができます。
Disease Panels
受託解析サービス
癌、難聴、心筋症など、特定の疾患遺伝子群パネルやミトコンドリアゲノムをターゲットにし、その領域における多型や変異を検出することができます。
カスタムターゲットエンリッチメント受託解析サービス ご希望の遺伝子群やターゲット領域に合わせたカスタムキットを作製し、その領域における多型や変異を検出することができます。

■トランスクリプトミクス解析
Novogene社
  
RNA-Seq
受託解析サービス
cDNAライブラリーを作製し、転写産物のリードをタグとしてカウントすることで、ゲノムワイドな発現プロファイルの結果が得られます。新規エクソンや融合遺伝子の検出も可能。
ArrayStar社
tRNA-Seq
受託解析サービス
tRNA用に最適化したライブラリー作製及びsmallRNAシークエンスを統合させた最先端のtRNA-Seq法により、tRNA研究を支援します。
tRF&tiRNA-Seq
受託解析サービス
Small non-coding RNAとして様々な機能を有するtRF及びtiRNAを解析します。既知のmicroRNAの解析も行います。

■エピゲノミクス解析
Novogene社
ChIP-Seq
受託解析サービス
クロマチン免疫沈降で得られたDNA断片をシークエンシングし、ゲノム配列上にマッピングし、ピーク領域の検出を行います。
ヒト全ゲノムメチル化
受託解析サービス
バイサルファイト処理したゲノムDNA全体を次世代シークエンシングすることで、網羅的かつ詳細にメチル化を解析します。
smallRNA-Seq
受託解析サービス
microRNAを含むsmallRNAの発現解析を行います。新規smallRNAの同定も可能です。
lncRNA-Seq
受託解析サービス
タンパク質をコードしない200nts以上の長さのRNAである、long non-coding(lnc)RNAの発現解析を行います。
ArrayStar社
(h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter
受託解析サービス
mRNA及びncRNAプロモーターにおける5mC又は5hmC修飾を解析します。
(ArrayStar社(アメリカ)のサービスです。)

■ゲノミクス解析
Novogene社

ヒト全ゲノムシークエンシング
受託解析サービス
HiSeq X Tenを用いて、ヒト全ゲノムシークエンシング解析を行うサービスです。
新規ゲノム
受託解析サービス
MiSeqを用いた新規ゲノムのドラフト解析サービスです。
ゲノムリシークエンシング
受託解析サービス
HiSeq2000/2500、または、MiSeqを用いて解析します。
1GB単位で取得データ量を指定可能。
PacBio RSUロングリード
受託解析サービス
PacBio RSUを用いた平均4000bpのリングリード解析です。
新規ゲノムやコンティグ整列などに利用可能。

■メタゲノム解析
Novogene社
メタゲノム
受託解析サービス
HiSeq2500を用いて解析します。
環境中微生物のゲノムDNAをすべて抽出・収集し、これらの全ゲノムを網羅的にシークエンスします。得られた配列データをリファレンス配列と相同性検索をすることで、菌種の帰属や菌種組成、挿入、欠失などの情報が得られます。また、機能遺伝子のデータベースに対して相同性検索を行うことで、その細菌嚢がどの様な機能遺伝子をもっているかの情報を得ることもできます。
微生物ゲノムアンプリコン
受託解析サービス
細菌の16S、真菌の18SおよびITS(internal transcribed spacer)を指標とした解析を行います。複数設計されたプライマーセットよりご希望のプライマーセットを選択して頂けます。また、ご自身で設計したプライマーセットでの解析にも対応しています。

■Proximo(TM)Hi-C/ProxiMeta(TM)Hi-Cシークエンス解析
Phase Genomics社
Proximo(TM)Hi-Cゲノムスキャフォールディング受託解析サービス 新たな方法を用いたスキャフォールディングアプローチによって、DNAの近接度(プロキシミティ)を in vivo で測定し、その情報を利用してコンティグから染色体スケールのスキャフォールドを行います。
ProxiMeta(TM)Hi-Cメタゲノムデコンボリューション受託解析サービス in vivo Chromosome Conformation Capture によるDNAの近接情報の物理的補足に基づいて、自然な条件下にある混合サンプルの全ゲノムアセンブリを可能にします。同じ種・株に由来するシークエンスの分類を可能にし、数十、数百の稀少で培養可能な新規微生物のゲノムを取得します。

■次世代シークエンスデータマイニングサービス

弊社では、CLC bio社の認定データ解析サービスプロバイダーとして、次世代シークエンスのデータ解析サービスをご提供しています。SNP/挿入・欠失解析、Exome解析、RNA-Seq解析、microRNA解析、ChIP-Seq解析、アセンブルなど、各種アプリケーションに対応した解析から、遺伝子予測やBLAST解析などの各種解析を行っています。なお、CLC bio社 CLC Genomics Workbenchのフル機能トライアル(1ヶ月版)を合わせて納品いたします。

 ⇒詳細情報
Authorized
Service Provider



次世代シークエンサーとは?
従来のサンガー法とは異なり、次世代シークエンサーは、1回のランで数千万〜数十億bpの塩基配列情報を得ることができ、ヒトの全ゲノム配列解読も可能な高性能かつハイスループットな技術です。コストパフォーマンスにも優れ、短いゲノム配列を大量に読むことによって、より信頼度の高いデータを得ることができます。新規ゲノム配列決定やSNP検索以外にも、ゲノム染色体異常(欠失や転座)、遺伝子発現解析、smallRNA解析やChIP-Seqなど、様々なアプリケーションへの応用が可能です。


業務提携先について


■Novogene社
Novogene社(中国)は、BGIに所属していた研究者がスピンアウトして設立した会社で、次世代シークエンス解析及び、バイオインフォマティクスにおける最高水準の研究開発とサービスを提供している企業です。illumina HiSeq X Tenも保有しており、ヒト全ゲノムシークエンシング解析(WGS)をこれまでにないコストパフォーマンスと処理能力で提供しています。

■ArrayStar社
ArrayStar社(アメリカ)は、tRNA-Seq, tRF&tiRNA-Seq, (h)MeDIP-SeqなどのNGS受託解析や、ベストセラーであるLncRNAマイクロアレイをはじめ、ncRNAマイクロアレイ、プロモーターマイクロアレイなど、エピジェネティック研究向けのマイクロアレイ及び受託サービスを提供しています。世界中の研究機関で利用され、2009年の設立以来190を超える学術誌に掲載されています。

■Phase Genomics社
Phase Genomics社(アメリカ)は、高次のDNA構造を利用して、動植物ゲノムのスキャホールドおよびメタゲノムのアセンブリを劇的に向上させる、Proximo(TM)Hi-Cスキャフォールディング解析、ProxiMeta(TM)Hi-Cメタゲノムデコンボリューション解析を提供しています。


次世代シークエンサー4機種の比較
次世代シークエンサーの各機種では、検出方法の違いや読取りリードの長さによって、得られる塩基配列情報のボリュームや対応できるアプリケーションが、異なってきます。下記に、Pacific biosciences PacBio RSU、illumina HiSeq 2000/2500、illumina MiSeqの特徴及び性能比較を示します。

仕様比較表
- Pacific Biosciences
PacBio RSU
illumina HiSeq 2000/2500 illumina MiSeq
測定原理
Sequencing by synthesis
single molecule, real-time
Reversible terminator-based sequencing method Reversible terminator-based sequencing method
リード長 平均4,000bp以上 50bp/100bp/125bp 50bp/100bp/150bp/250bp/300bp
データ量/run 200Mb/SMRT Cell 135-600Gb 540Mb-15Gb
測定時間/run 120min 2-11days 4-39hr
リード数/run 4.7万リード Single:〜30億リード
Paired end:〜60億リード
Single:
1200万-2500万リード
Paired-end:
2400万-5000万リード
Accuracy
(各社公開値)
88.2% 80%以上のリードがQ30以上 70%以上のリードがQ30以上
配列データ FASTQ形式 FASTQ形式 FASTQ形式
得意な
アプリケーション
・de novo sequencing
(微生物の新規配列決定)
・Hybrid assembly
(他のシークエンサーとの組み合わせ解析)
・リシークエンス
(既知の配列へのMapping)
・smallRNA解析
・ChIP-Seq
・SNP解析
・Indel(挿入・欠失)解析
・リシークエンス
(既知の配列へのMapping)
・smallRNA解析
・ChIP-Seq
・SNP解析
・Indel(挿入・欠失)解析
特徴 解析時間が短い。
PCRバイアスがない。
平均4,000bp以上のロングリード解析。
シークエンスエラー率が高い。
解析鎖長は短いので、参照配列へのマッピングが得意。
データ量が多く、アプリケーションの幅が広い。
解析鎖長は短いので、参照配列へのマッピングが得意。データ量が多く、アプリケーションの幅が広い。
*出力されるデータ量、リード数、リード長は、あくまで目安です。
 ご希望のアプリケーションによって、得られるデータ量は増減する場合があります。
 各メーカーの仕様を参考にしており、あくまでも目安です。各サービスの保証データとは異なりますので、ご注意ください。



受託解析サービスの流れ
 詳細情報


(関連製品)
 QIAGEN社(CLC bio) 次世代シークエンスデータ解析ソフトウェア


 
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