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Home製品・サービス情報受託サービス質量分析>Label Free タンパク質発現・相対定量解析サービス

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・質量分析
+ Biognosys AG社 次世代プロテオーム解析サービス
+ iTRAQ®タンパク質発現・相対定量解析
+ iTRAQ®リン酸化部位同定・相対定量解析
+ iTRAQ®/TMTプロテオーム解析
+ SILACタンパク質発現・相対定量解析
- Label Free タンパク質発現・相対定量解析
+ 免疫沈降(IP)プロファイリング
+ SRM/MRM タンパク質定量解析
+ タンパク質翻訳後修飾プロファイリング
+ タンパク質リン酸化部位同定プロファイリング
+ タンパク質同定プロファイリング
+ タンパク質同定解析
+ タンパク質配列マッピング解析
+ タンパク質質量測定解析
+ PTM-Plus(翻訳後修飾)解析
+ Glyco-Screen 解析
Glyco-Screen Plus 解析
+ ペプチドミクス解析
+ メタボローム解析
+ MassARRAY®解析
(SNPジェノタイピング/変異解析/DNAメチレーション解析)
+ データマイニング
  
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質量分析サービス
Label Free タンパク質発現・相対定量解析サービス
Label Free(ラベルフリー) タンパク質発現・相対定量解析サービスは、細胞溶解液や組織ホモジネート、または生体液など複雑なサンプルの相対定量ならびに定性解析を、Label Freeで行います。iTRAQ解析やSILAC解析では困難な、9サンプル以上の多数サンプルの相対定量を行う場合、非常に有用な手法です。解析結果は、関連するパスウェイ情報と共に存在するタンパク質の一覧及びタンパク質の発現量データをご提供いたします。本サービスでは、dMS(Differential mass spectrometry)解析と、GeLC-MS/MS解析の2種類からご選択していただけます。


Label Free(ラベルフリー) タンパク質発現・相対定量解析のワークフロー

細胞/組織よりタンパク質を抽出し、トリプシン消化後、LC-MSまたは、LC-MS/MSにより解析します。
それぞれのサンプルで共通なペプチドのシグナル強度を比べ、そのペプチド(タンパク質)の存在比を解析します。




dMS解析とGeLC-MS/MSについて

dMS解析では、タンパク質の相対定量と質量分析データをフルスキャンして、統計学的に有意な変化を同定します。また、代謝物や化学標識やサンプルプールを必要とせず、1サンプルのデータでも他の多くのデータとの比較が可能です。データ取得後、複数条件下において、サンプル間で差のみとめられたタンパク質のリストを作成します。
GeLC-MS/MS解析では、サンプルの複雑さを減らすため、SDS-PAGEを用いてタンパク質を分離します。電気泳動後のSDSゲルをいくつかに断片化し、トリプシン消化されます。トリプシン消化後のサンプルは、LC-MS/MSで解析します。タンパク質同定データは、ゲルレーン毎のタンパク質リスト(重複は除く)です。差分実験での定量は、スペクトルカウントを用いて、ノーマライゼーションもしくは、ノーマライズスペクトル存在量因子値(NSAF)を使って行われます。

(dMS解析の主な特徴)
・ハイスループット解析
・データベースサーチに依存せず、得られたMSピークを用いての定量

(GeLC-MS/MSの主な特徴)
・スループットは低いが、同定されるタンパク質の数は多い
・同定されたタンパク質毎に定量
・サンプル必要量が少量(スタートサンプル:1ug程度)


解析の流れ


【dMS解析の流れ】
サンプル準備
細胞・組織の溶解、血漿・血清からの高濃度タンパク質の除去、尿・CSFサンプルのクリーンナップ、タンパク質の定量
 ↓
サンプル消化
還元アルキル化及びトリプシン消化
 ↓
フラクション作業
サンプルの種類や複雑さ、研究目的、ご予算などによって、フラクションの数を選択
 ↓
LC-MS/MS測定
キャピラリー液体クロマトグラフィー、Orbitrap Velos Pro もしくは、Q Exactive(高解像度:60,000FWHM)
 ↓
データ解析
Thermo Scientific SEIVE(TM) ソフトウェアを使用し、各m/zの特徴付け、ノーマライゼーション、統合・統計解析のためのクロマトグラフピークのアライメントを行います。
 ↓
レポート
PDFレポート、Excelデータ


ThermoFisher Orbitrap Velos Pro
tandem mass spectrometer


ThermoFisher Q Exactive
hybrid quadrupole-Orbitrap mass spectrometer
【GeLC-MS/MS解析の流れ】
サンプル準備
細胞・組織の溶解、血漿・血清からの高濃度タンパク質の除去、尿・CSFサンプルのクリーンナップ、タンパク質の定量
 ↓
SDS-PAGE
コロイドのクマシー染色したNovex mini-gels(invitrogen)により泳動
 ↓
セグメント化
サンプルの種類や複雑さ、研究目的、ご予算などによって、セグメントの数を選択
 ↓
サンプル消化
還元アルキル化及びトリプシン消化
 ↓
NanoLC-MS/MS測定
250nL/min 液体クロマトグラフィー、Orbitrap Velos Pro もしくは、Q Exactive
 ↓
データ解析
Mascotを用いたデータベースサーチ、スペクトルカウントに基づいて正規化と定量化を行い、データの検証と可視化を行う。統合されたピーク面積に基づいて、MaxQuantによる正規化と定量化の二次分析を行う。また、有意差検定及びオプションにて、パスウェイ解析を行う。
 ↓
レポート
PDFレポート、Excelデータ、スキャッフォールドファイル


価格/納期/納品データ


価格
サービス名 フラクション 数量 税別単価 Cat.#
Label Free(ラベルフリー)
タンパク質発現・相対定量解析サービス
Unfractionated 1サンプル
(2サンプル以上より受付)
¥202,000 F-MSB-QW-LF-un
10fractions 1サンプル
(2サンプル以上より受付)
¥310,000 F-MSB-QW-LF-10
20fractions 1サンプル
(2サンプル以上より受付)
¥439,000 F-MSB-QW-LF-20
40fractions 1サンプル
(2サンプル以上より受付)
お問合わせ F-MSB-QW-LF-40
 *1サンプルの場合の対応については、別途お問い合わせ下さい。

納期: 約1.5ヶ月程度
納品データ(標準): PDFレポート、Excelデータ

オプション
サービス名 除去されるタンパク質例 税別単価 Cat.#
高濃度タンパク質の除去
(血清・血漿由来のタンパク質の場合)
アルブミン、IgGなど ¥10,000~¥50,000 F-MSB-RPHC


ご送付サンプルについて


 QCシートを同封の上、弊社までお送り下さい。
 ご発送は、代理店へご依頼いただくか、直送願います。
 発送の際の送料は、お客様負担となります。(着払いは受け取りできませんので、ご注意ください。)
 また、土日祝祭日をはさまない様に、弊社営業日に到着する様にご発送ください。
サンプル 輸送温度 ご送付サンプル量
細胞溶解物/組織粉砕物
生体液
-80℃
(ドライアイス詰めで冷凍便)
細胞溶解物: 総タンパク質1ug以上
生体液: 血漿100uL以上、CSF100uL以上

 【サンプル準備に関する注意事項】
(タンパク質溶液の場合)
1. 推奨される溶媒は、水又は<50mMの揮発性塩(例えば重炭酸アンモニウム)です。可能であれば、界面活性剤、グリセロール及び不揮発性の塩を避けてください。クリーンアップが必要な場合は、追加料金が発生する場合がありますので、予めご了解ください。
2. 溶液中のタンパク質は、-80℃で保存し、発送の際はドライアイス詰めにしてください。
3. 対象生物種をQCシートに記載してください。
(細胞及び組織の場合)
1. サンプル量として、細胞の数や組織の重量をQCシートに必ず記載してください。
2. 緩衝液組成、溶液名をQCシートに記載してください。
3. -80℃で保存し、発送の際はドライアイス詰めにしてください。
4. 対象生物種をQCシートに記載してください。
(生体液の場合)
1. 凍結/融解サイクルを繰り返したサンプルは避けてください。
2. 生体液(血漿、CSF、尿など)の量をQCシートに記載してください。
3. -80℃で保存し、発送の際はドライアイス詰めにしてください。
4. 対象生物種をQCシートに記載してください。
* 高濃度タンパク質を除去する場合、¥8,000~¥42,000(税別)が別途必要となります。

 【サンプル発送に関する注意事項】
* サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行って下さい。
* (サンプルの送付先)
フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託解析センター宛
〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
Tel 052-624-4388  Fax 052-624-4389  E-mail biosupport@filgen.jp


本ページは、MSBioworks社, サーモフィッシャーサイエンティフィック社のホームページに掲載されている情報を引用させて頂いております。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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