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質量分析サービス -DNAメチル化解析/SNP・変異解析
MassARRAY® 受託解析サービス
 

Feng Chi Biotech

概要


Agena Bioscience社(旧Sequenom社)のMassARRAY® Systemを用いて、DNAメチル化解析、ゲノム解析で得られた候補SNPのバリデーションや体細胞変異の解析、カスタムSNPジェノタイピングなどを行います。
解析作業は、業務提携先でAgene Bioscience社の認定サービスプロバイダーである「Feng Chi Biotech」社にて行います。
MassARRAY® Systemは、PCR法の検出感度を活用したシンプルなプロトコールと、MALDI-TOF-MSの検出精度を組み合わせた、高精度・高感度・ハイスループットを実現しています。


特徴


・MALDI-TOF-MSによる高精度、高感度測定

・最大40プレックスのマルチプレックスアッセイ
 DNAサンプル量の少量化、コストダウンを実現

・SNP解析、体細胞変異解析、薬物代謝解析などに対応

・カスタムSNPジェノタイピング解析
 目的の遺伝子のジェノタイピングが可能

  
SpectroCHIP®

MassARRAY® System
MALDI-TOF-MS(MassARRAY® Analyzer 4)

MALDIーTOF-MSは、マトリックス支援レーザー脱離イオン化法(MALDI: Matrix Assisted Laser Desorption Ionization)と飛行時間型(TOF:Time of Fright)質量分析計(Mass spectrometry)の組み合わせにより、質量を決定する分析方法です。
PCR反応により増幅した生成物は、SpectroCHIP®上で、マトリックス(レーザー光を吸収する化合物)と混合後に結晶化され、高エネルギーレーザーを照射することによりイオン化されます。
生成したイオン(フラグメント)は、真空管を移動することで、質量に基づいて分離し、Detectorに到達します。フラグメントの質量により、異なる分子がDetectorに到達する時間を飛行時間として測定し、ソフトウェアによりフラグメントの質量を算出します。


(参考資料)
MassARRAY Systemの資料(PDF)
Assay by Agenaの資料(PDF)
 
MassARRAY® Analyzer 4(図をクリックして拡大)


サービス内容


●DNAメチル化解析
この解析は、悪性腫瘍のバイオマーカーの探索および評価などに使用されています。従来の解析方法(バイサルファイトシークエンス法やパイロシークエンス法など)に比べ、1アンプリコンで600bp程度の領域をカバーできるため、解析領域が広く定量性が高いDNAメチル化解析です。

【MassCLEAVE®】
DNA中のメチル化シトシン及び非メチル化シトシンは、バイサルファイト処理を行うことにより区別されます(BS Conversion)。
バイサルファイト処理では、メチル化シトシン(C)は変換されず()、非メチル化シトシン(C)のみウラシル(U)に変換されます()(BS Conversion)。
MassCLEAVE®アッセイは、バイサルファイト処理により変換されたDNAを使用しています。このアッセイでは、バイサルファイト処理後のDNAをPCR増幅し(PCR)、IVT反応およびT(U)特異的切断反応により、短いフラグメントが生成されます(IVT&Cleave)。生成されたメチル化フラグメント()および非メチル化フラグメント()との質量差(16Da)を専用MALDI-TOF-MSを用いて検出(Mass Detection)することにより、メチル化部位の同定・定量が可能です(Data Analysis)。

MassCLEAVE®アッセイ技術(この技術において、メチル化および非メチル化部位に相当する「GC」と「AC」の質量差は16Daとなる。)

●SNP/変異解析アプリケーション
この解析は、SNP対立遺伝子の同定や体細胞変異プロファイリング、薬物代謝(ADME)のバイオマーカーの研究などに使用されています。SNP解析は最大40プレックス、変異解析では最大15プレックスのマルチプレックス反応(iPLEX®アッセイ、UltraSEEK(TM)アッセイ)が可能なアッセイです。目的別にパネルを多数用意しており、アッセイのカスタム化も容易にできます。
【iPLEX®】
iPLEX®アッセイは、SNP部位の一塩基手前までの特異的プライマー(:Primer Extension)を使用し、そのプライマーを一塩基だけ伸長することにより、末端が一塩基伸長されたプライマーが生成されます(:Primer Extension)。一塩基()に相当する部分は、SNPの塩基により異なるため、生成されたフラグメントに質量差が生じることになります。
この質量差(「G」と「C」の質量差は、40Da)を専用MALDI-TOF-MSを用いて検出(Mass Detection)することにより、SNP対立遺伝子を識別することができます(Data Analysis)。

iPLEX®マルチプレックスアッセイ技術(この技術において、SNP部位である「G」と「C」の質量差は40Daとなる。)
【UltraSEEK(TM) 
UltraSEEK(TM)アッセイは、変異部位の一塩基手前までの特異的プライマー(:Primer Extension)を使用し、そのプライマーを一塩基だけ伸長することにより、末端が一塩基伸長されたプライマーが生成されます()。一塩基()に相当する部分は、変異の塩基により異なります。この際、変異部位は、特異的なプライマーにより、ビオチン標識されますが()、変異していない部位は、標識されません()(Specific Base Extension)。磁気ビーズにてビオチン標識されたプライマー()をキャプチャーし、標識されていないプライマー()を洗浄することにより、ビオチン標識されたフラグメントのみ()を精製することができます(Capture)。精製されたプライマーの質量を専用MALDI-TOF-MSを用いて検出することにより、わずか0.1%程度の変異を同定することができます(Mass Detection)。
*UltraSEEK
(TM)アッセイは、UltraSEEK(TM) Oncogene Panel v1.0にのみ対応しています。

UltraSEEK(TM)アッセイ技術(この技術において、変異部位のみをキャプチャーするため、わずかな変異を同定することができる。)


ラインナップ

サービス内容
(参考資料へのリンク)
詳細 アッセイ技術 税別価格 Cat.#
DNAメチル化解析    
EpiTYPER® DNA Methylation 600bp程度の領域に含まれるメチル化部位
の同定・定量解析
MassCLEAVE® お問合せ F-FCB-M
-(サンプル数)
SNP/変異解析(パネル解析)
Exome ID AbA Panel 42SNP、3ジェンダーマーカー、5CNVを
用いてサンプルの同定・定量解析
iPLEX® お問合せ F-FOB-E-1
iPLEX® Pro Sample ID Panel 44SNP、3ジェンダーマーカー、5CNVを
用いてサンプルの同定・定量解析
iPLEX® F-FOB-S-1
Hemo ID(TM) Blood Group Genotyping Panel 101抗原(16血液型システム)における
107多型と23の血小板・好中球抗原を検出
iPLEX® F-FOB-H-1
Hemo ID(TM) Kell. Kidd. Duffy. Module Kell. Duffy. Kidd. 血液型  iPLEX® F-FOB-H-2
Hemo ID(TM) MNS Module MNS血液型 iPLEX® F-FOB-H-3
Hemo ID(TM) Rare Blood Groups Module 稀少血液型 iPLEX® F-FOB-H-4
Hemo ID(TM) RHD-RHCE Broad Module RHD-RHCE遺伝子 iPLEX® F-FOB-H-5
Hemo ID(TM) RHD Variant Module RHD遺伝子変異 iPLEX® F-FOB-H-6
Hemo ID(TM) HPA/HNA Module ヒト血小板抗原/ヒト好中球抗原  iPLEX® F-FOB-H-7
Hemo ID(TM) ADME PGx Pro Panel 36の関連遺伝子における192変異とSNP、
挿入、欠失、CNVを検出
iPLEX® F-FOB-P-1
Hemo ID(TM) CYP2C9/VKORC1 v1.0 CYP2C9/VKORC1遺伝子における45SNP
を検出
iPLEX® F-FOB-P-2
Hemo ID(TM) CYP2C19 v1.0 CYP2C19遺伝子における45SNPを検出  iPLEX® F-FOB-P-3
Hemo ID(TM) CYP2D6 v1.1 CYP2D6遺伝子における30SNPと5CNV、
1ジェンダーマーカーを検出 
iPLEX® F-FOB-P-4
OncoFOCUS(TM) Panel 肺がん、大腸がん、メラノーマなどで報告
のある4つの重要がん遺伝子の300以上の
ドライバー変異を検出
iPLEX® F-FOB-O-1
OncoCarta(TM) Panel v1.0 固定癌を対象とした19の関連遺伝子
における238の体細胞変異を検出
iPLEX® F-FOB-O-2-1
OncoCarta(TM) Panel v2.0 MAP2K、CTNNB1、KIT、PIK3CA及び
TP53を収載
18遺伝子における152体細胞変異を検出
iPLEX® F-FOB-O-2-2
OncoCarta(TM) Panel v3.0 STK11とRB1を収載
22遺伝子における105の体細胞変異を検出
iPLEX® F-FOB-O-2-3
LungCarta(TM) v1.0 肺腺腫瘍に関連する26遺伝子における214
の体細胞変異を検出
iPLEX® F-FOB-O-3
LungFusion(TM) ALK RET ROS1 非小細胞肺癌および他の癌に関連する
新規のALK/RET/ROS1をスクリーン
iPLEX® F-FOB-O-4
MelaCarta(TM) Panel v1.0 皮膚がんに関連する20の癌遺伝子及び
抑制因子の70の体細胞変異を検出
iPLEX® F-FOB-O-5
ColoCarta Panel v1.0 大腸がんに関連する6遺伝子における
31の体細胞変異を検出
iPLEX® F-FOB-O-6
GyneCarta(TM) Panel v1.0 婦人科がんに関連する13遺伝子における
168の体細胞変異を検出 
iPLEX® F-FOB-O-7
PanCarta Panel v1.0 すい臓がんに関連する40遺伝子における
150の体細胞変異を検出 
iPLEX® F-FOB-O-8
UltraSEEK(TM) Oncogene Panel v1.0 血中遊離DNAから低レベルの
遺伝的決定因子の同定解析
UltraSEEK(TM) F-FOB-U-1
 * パネルに搭載されている遺伝子群は、事前の予告なくバージョンアップにより変更される場合があります。
 * 同一種類の特異的な遺伝子を搭載したプレートであっても、Cat.#またはバージョンの異なるアレイ間の解析結果を比較することはできません。過去の解析結果との比較を検討される際には、ご注意ください。

サービス内容 アッセイ技術 税別価格 Cat.#
反応数 SNP数  解析サンプル数
SNP解析(カスタム解析)
1well 10 46Samples+2controls iPLEX® ¥320,000 F-FOB-A10-46
2well 10 46Samples+2controls iPLEX® ¥401,000 F-FOB-B10-46
3well 10 46Samples+2controls iPLEX® ¥482,000 F-FOB-C10-46
1well 20 46Samples+2controls iPLEX® ¥459,000 F-FOB-A20-46
2well 20 46Samples+2controls iPLEX® ¥540,000 F-FOB-B20-46
3well 20 46Samples+2controls iPLEX® ¥621,000 F-FOB-C20-46
1well 30 46Samples+2controls iPLEX® ¥598,000 F-FOB-A30-46
2well 30 46Samples+2controls iPLEX® ¥679,000 F-FOB-B30-46
3well 30 46Samples+2controls iPLEX® ¥760,000 F-FOB-C30-46
1well 40 46Samples+2controls iPLEX® ¥737,000 F-FOB-A40-46
2well 40 46Samples+2controls iPLEX® ¥818,000 F-FOB-B40-46
3well 40 46Samples+2controls iPLEX® ¥899,000 F-FOB-C40-46
1well 10 94Samples+2controls iPLEX® ¥401,000 F-FOB-A10-94
2well 10 94Samples+2controls iPLEX® ¥529,000 F-FOB-B10-94
3well 10 94Samples+2controls iPLEX® ¥691,000 F-FOB-C10-94
1well 20 94Samples+2controls iPLEX® ¥540,000 F-FOB-A20-94
2well 20 94Samples+2controls iPLEX® ¥668,000 F-FOB-B20-94
3well 20 94Samples+2controls iPLEX® ¥818,000 F-FOB-C20-94
1well 30 94Samples+2controls iPLEX® ¥679,000 F-FOB-A30-94
2well 30 94Samples+2controls iPLEX® ¥795,000 F-FOB-B30-94
3well 30 94Samples+2controls iPLEX® ¥945,000 F-FOB-C30-94
1well 40 94Samples+2controls iPLEX® ¥853,000 F-FOB-A40-94
2well 40 94Samples+2controls iPLEX® ¥922,000 F-FOB-B40-94
3well 40 94Samples+2controls iPLEX® ¥1,084,000 F-FOB-C40-94
変異解析(カスタム解析)
お問合せ iPLEX® お問合せ F-FOB-Z-(サンプル数)


受託解析サービスの流れ


フィルジェン(株)バイオサイエンス部 受託解析センター 

・解析内容の打ち合わせ
  ご希望とするアプリケーションやサンプルの数などの内容をご連絡ください。
(E-mail: biosupport@filgen.jp)
内容を確認後、お見積もり、必要サンプル量等の情報をご連絡いたします。


・解析サンプルの送付
  弊社宛てに解析サンプルとQCシートを併せてご送付ください。
送付された内容物とQCシートの内容が一致しているかどうかを弊社で確認し、弊社から「Feng Chi Biotech社(台湾)」にサンプルを送付します。

*本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。やむを得ずキャンセルされる場合は、要した実費を請求させて頂きます。
*本サービスでは、サンプルの品質チャックを行わずに、解析を進めます。解析の結果、データ不良と判断されたサンプルについて、そのサンプルの品質をNanoDropで評価します。評価の結果、送付サンプルの必要条件を満たしている場合のみ、再測定を実施します。
 
送付先
フィルジェン株式会社
バイオサイエンス部 受託解析センター
〒459-8011
愛知県名古屋市緑区定納山一丁目1409番地
Tel 052-624-4388
Fax 052-624-4389

E-mail biosupport@filgen.jp
 
(ご準備頂くサンプル)

DNAメチル化解析
サンプル種 サンプル量 DNA量 状態
O.D.260/O.D.280 O.D.260/O.D.230 
ゲノムDNA 最大40uL 100~500ng程度
(濃度 2.5ng/uL)
Reduced EDTA TE buffer
または、Nuclease free water
1.7~2.0
組織・細胞(オプション) 別途ご相談ください。
 *DNAメチル化解析の場合は、ターゲット領域の塩基配列情報などのシークエンスファイルをご提供ください。

SNP/変異解析(パネル解析)
サンプル種 サンプル量(目安) 濃度(目安) 状態
O.D.260/O.D.280 O.D.260/O.D.230 
ゲノムDNA 20~50uL以上 10~20ng/uL程度 Reduced EDTA TE buffer
または、Nuclease free water
1.7~2.0
組織・細胞(オプション) 別途ご相談ください。
 *上記のサンプル量は、あくまでも目安です。
  必要サンプル量は、測定パネルによって異なりますので、詳しくは弊社までお問い合わせください。

SNP/変異解析(カスタム)
サンプル種 サンプル量(目安) 濃度(目安) 状態
O.D.260/O.D.280 O.D.260/O.D.230 
ゲノムDNA 10uL+5uL×Well数 10ng/uL程度 Reduced EDTA TE buffer
または、Nuclease free water
1.7~2.0
組織・細胞(オプション) 別途ご相談ください。
 *カスタム解析の場合は、SNPリスト(dbSNP IDやRS ID、またはMutation ID)、及び塩基配列情報などのシークエンスファイルをご提供ください。なお、設計に用いる塩基配列の間違いを防ぐため、SNPリストのみではお受けできかねますので、ご了承ください。

遺伝子情報
(Reference SNP ID)
SNP1: AGTAGTGTAGTATTAGTGTGCTACGTGTGATGCTAGGATC[A/G]
     ATACCCCCGTAGTGTAGTATGCGATGCTAGGGCTGATCTGTGTAGT
SNP2: CGTTG「NNNNN」AGTATTAGTGTGCTAGTGTGATGCTAGCCTGATC[AG/-]
     ATAGGGTAGTGTAGTAAGCTGCGATGCTAGCTGAAAATCTGTGTAGT
[A/G]: SNPs
[AG/-]: InDels
* 各SNPの塩基配列情報(長さ)は、> 400 ntsでご提供ください。
 フランキング配列内にある他の変異を示したい場合は、「N」で表示してください。

(注意点)
ゲノムDNAは、96ウェルPCRプレートに入れ、プレートシール等でシーリング(密着)した状態でご送付ください。仕様の異なったプレートでご送付頂いた場合は、96ウェルプレートPCRプレートでのサンプル再提出をお願いします。弊社では、サンプルの入れ替え作業などは行いませんので、ご了承ください。
* ゲノムDNAは、Reduced EDTA TE buffer(10mM Tris-HCL, 0.1mM EDTA pH8.0)もしくは、Nuclease free waterに溶解してください。
ご送付頂くサンプルは、全て予め液量を統一してください。
* プレート分注の際は、なるべく空欄を設けない様、サンプルリスト表の通し番号1(well position: A1)より順に分注してください。
コントロールとして2ウェル必要となります。サンプルは、1プレートにつき94サンプルをご用意ください。ウェルポジション「H11」「H12」は、コントロールとして使用しますので、測定には使用できません。サンプルを分注しない様、ご注意ください。
* サンプルが分注されていないウェルを明確にするために、サンプルリスト表を空欄にする場合は、斜線を引いてください。
ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、推奨溶液にて保存してください。ゲノムDNAが4℃保存の場合は、アイスバックなどとともに梱包してクール便でお送りください。また、ゲノムDNAが冷凍状態で保存されている場合は、砕いたドライアイスとともに梱包してクール便でお送りください。推奨溶液ではない場合は、別途お問い合わせください。
* サンプル名は、半角英数10文字以内で表記してください。記号は、ハイフン(-)・アンダーバー(_)のみご使用頂けます。また、サンプル名は、個人情報などが特定されない様、匿名化されたものをご準備ください。サービス着手前に、サンプル名にて個人情報などが特定されると推測できる場合は、サンプル名変更をお願いすることがありますので、予めご了承ください。
受託サービスQCシート及びサンプルリストは、必要事項をご記入の上、Excelファイルデータとして弊社E-mailアドレスまで送信してください。また、サンプル送付の際、受託解析サービスQCシート及びサンプルリストの印刷物を同封してお送りください。同シートがご送付されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスの着手が遅れ、納期が延びる場合がありますので、ご注意ください。
* 本サービスでは、サンプルの品質チェックを行わずに、解析を進めます。解析の結果、データ不良と判断されたサンプルについて、そのサンプルの品質をNanoDropで評価します。評価の結果、送付サンプルの必要条件を満たしている場合のみ、再測定を実施します。
* お預かりできるサンプルは、文部科学省が「遺伝子組み換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律」にて定められているP1レベルに限らせて頂きます。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。
* ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では一切の責を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、返却できません。実験後の残サンプルについては、基本的には、弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
弊社営業日に到着する様にご発送ください。弊社営業日は、土日祝祭日や年末年始などを除く平日9時~17時までとなっております。また、休日を挟まない様にご発送ください。
* 本確認事項を満たさない事で、別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。


Feng Chi Biotech社

・DNA抽出及び濃度測定(オプション)
 組織・細胞・血液などから、ゲノムDNAを抽出して濃度測定を行います。


・サンプル調整

 各種サンプルに応じたサンプル調整を行います。

・専用MALDI-TOF-MSによる測定


・データ解析
 Feng Chi Biotech社でデータ解析を行います。


・解析データのご報告
  データ解析結果(英語表記のみ)を、CD-ROMに収録し、納品いたします。
納期は、サンプル到着後4週間程度です。
*オプション作業の追加などにより、標準納期に加え、お時間を頂戴する場合があります。詳しくは、ご発注前に営業担当までお問い合わせください。
   

 


(実験データ例)

References


DNAメチル化解析
Coolen MW, et al. Nat Cell Biol. 12: 235-246(2010)
Docherty SJ, et al. Methods. 52(3): 255-8(2010)
Tobi EW, et al., Hum Mol Genetics. 18(21): 4046-4053(2009)
Wong CCY, et al. Epigenetics. 5(6): 1-11(2010).

SNP/変異解析
Gabriel S, Ziaugra L, Tabbaa D., Curr Protoc Hum Genet 60: 2.12.1-2.12.18(2009)
Demichelis F, et al., Nucleic Acids Research 1-11(2008).
Thomas, Roman K, et al., Nat Genet. Mar; 39(3): 347-51(2007)
Sanchez J, et al., Electrophoresis 27: 1713-1724(2006).

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