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 CLC bio社製品のソフトウェア単体販売からインテグレーションまで、すべて取り扱える正規販売代理店です。

CLC Bioinformatics Solution - 次世代シークエンス解析用ソフトウェア
CLC Genomics Workbench

フィルジェンでは、CLC bio社/QIAGEN社の日本における正規販売代理店として、CLC bio社の各種バイオインフォマティクスソリューションの販売とサポートを行っております。CLC bio社は、DNA、RNA、タンパク質をはじめとする各種配列解析に対応したソフトウェアの他、ドッキング予測・バーチャルスクリーニングや、最先端のテクノロジーである次世代シークエンシング分野においても世界を牽引するバイオインフォマティクスソリューションプロバイダーです。


概要


CLC Genomics Workbenchは、次世代シークエンサーから出力される膨大なデータの解析に対応した統合配列解析ソフトウェアです。最先端の解析アルゴリズムと高速なゲノムアセンブル・マッピングツール、豊富なグラフィカル機能や多彩な出力オプションを搭載し、ユーザーフレンドリーかつ直感的なインターフェイスで稼働します。Roche社やillumina社、Thermo Fisher Scientific社の次世代シークエンサーデータに対応し、アセンブルやマッピング、各種アプリケーションに対応した専用解析モジュールを搭載しています。さらに同社製品「CLC Main Workbench」のすべての解析モジュールも搭載しており、次世代シークエンサーのみならず、サンガーシークエンサーにも対応した、統合配列解析ソフトウェアとして使用できます。


主要なアプリケーション


リシークエンシング解析
次世代シークエンサーより取得したリード配列データを、既知のリファレンスゲノム配列にマッピングを行い、各種変異(SNV, InDel)の検出を行います。検出した変異には、アミノ酸置換情報や遺伝子名、データベースのSNP IDなどをアノテーションとして付加したり、サンプル間の比較、変異によるタンパク質立体構造の変化などを確認することが可能です。
トランスクリプトミクス解析
RNA-SeqやsmallRNA解析によって、各遺伝子やsmallRNAごとの発現量データを網羅的に取得することができます。取得した発現量データは、専用ツールや無償プラグインを使用することで、サンプル間の発現変動解析やクラスタリングによる統計解析、ヒートマップやベン図作成によるグラフ表示を行うことが可能です。
エピゲノミクス解析
クロマチン免疫沈降(ChIP)アッセイで取得したリード配列データが、ゲノム配列上のどの領域でピークを形成するかを解析することによって、転写因子とゲノム配列上の結合部位を同定します。ピーク領域近傍の遺伝子名をアノテーションとして取得するほか、無償プラグインの使用で、ヒストン修飾やバイサルファイトシークエンスの解析にも対応します。
De novoシークエンシング解析
リファレンスゲノム配列を使用せず、ゲノムシークエンスを行ったリード配列を直接つなげていき、コンティグ配列を作成します。作成したコンティグ配列は、原核生物ゲノムのORF予測や、BLASTによる相同性検索などに使用でき、配列決定から遺伝子機能の予測までをサポートします。
その他の機能
解析ワークフロー作成、複数サンプルのバッチ解析、ゲノムデータのダウンロード、リード配列データのトリミング/クオリティーチェック、サンプル情報のメタデータ、各種プラグインのインストールなど



アプリケーションの詳細


【リシークエンシング解析】

・リファレンスゲノムへのマッピング


NCBIやEnsemblなどのデータベースに登録されているリファレンスゲノムを使用し、次世代シークエンサーで取得したリード配列データのマッピングを行うことが可能です。パラメータの調整を行うことで、Insertion/Deletion領域にも正しくリード配列をマッピングすることができ、また、Paired end や Mate pair などのペアリード配列データにも対応しています。さらに、リファレンスゲノムの設定時に、同時にゲノム上のアノテーションデータを登録することで、任意のアノテーション領域にターゲットを絞ってマッピングを行うことも可能です。

・局所的再アライメント(Local Realignment)

マッピングを行ったデータに対して、さらに局所的再アライメントを行うことで、近傍のリード配列のマッピング状況に基づき、マッピング結果を補正することが可能です。この工程によって、主に Insertion/Deletion の検出感度を上げることが可能です。

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・変異検出

マッピングデータから変異(SNV, InDel)の検出を行うと、解析結果はテーブル形式で表示されます。テーブルには、各変異のゲノム上の位置やアリル情報、接合性情報、さらにアリルごとのリード配列のカウント情報などを含み、テーブル上でフィルターをかけることで、任意の条件を満たす変異のみをピックアップすることが可能です。また、本ソフトウェアには3種類の変異検出用ツールが搭載されており、変異をもつリード配列のカバレッジ中の頻度や、解析サンプルの生物種の倍数性などによって、ツールを使い分けることが可能です。いずれのツールも、様々なノイズフィルターが組み込まれており、パラメータを調整することで、検出される変異の偽陽性を減らしたり、逆に検出感度を上げたりすることが可能です。

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・アノテーションの付加


変異のテーブルデータに対して、各変異によるタンパク質のアミノ酸置換情報、オーバーラップする遺伝子名情報、dbSNPなどの変異情報データベースのSNP IDなどをアノテーションとして付加することが可能です。データベースへのリンクも同時に付加され、クリックすることで該当データベースサイトを閲覧できます。

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・タンパク質立体構造変化の3D表示

タンパク質のアミノ酸置換を引き起こす変異に対しては、タンパク質立体構造の変化を3Dで表示させることができます。また同時に、既存の薬物の結合サイトの影響も調べることが可能です。

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・サンプル間比較

サンプル間の変異データの比較用ツールを使用し、サンプル間で共通または指定の頻度で存在する変異、サンプルをケースグループとコントロールグループに分け、ケースグループに統計的に有意に存在する変異、親子サンプルを比較して、親から子供に遺伝した変異や新たに発生した変異、腫瘍細胞-正常細胞や体細胞-生殖細胞を比較した変異、などを容易に解析を行うことが可能です。

・ゲノムブラウザー


検出した変異データやマッピングデータ、さらにリファレンスゲノムの配列データやアノテーションデータなどを、データごとにトラックとして保存し、ゲノムブラウザー上で統合して表示させることができます。ゲノムブラウザー上のトラックは、テーブル形式の表示に切り替えることができ、テーブル上の任意の行をクリックすることで、ゲノムブラウザー上の該当位置に自動的にジャンプします。これによって、マッピングデータ上の変異の存在を、グラフィカルに確認することが可能です。

・その他ツール

上記以外にも、マッピングデータからターゲット領域のカバレッジ計算を行うツールや、リファレンスゲノム配列に対して、マッピングされたリード配列データの変異で置き換えるツール、また変異に対して、進化上の保存度やmRNAスプライシング部位への影響などをアノテーションとして追加するツールなどが搭載されており、リシークエンシング解析を強力にサポートします。

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【トランスクリプトミクス解析】

・RNA-Seq Analysis


標準搭載のRNA-Seq解析用ツールを使用すると、リード配列データのリファレンスゲノムへのマッピング、および各遺伝子の発現量の算出までを自動で行います。エクソン間をまたいだリード配列のマッピングにも対応し、遺伝子の発現量については、遺伝子ごとのリード配列カウント以外に、RPKM(Reads Per Kilobase Million)とTPM(Transcripts Per Kilobase Million)による計算が可能です。また1つの遺伝子に複数のスプライスバリアントが存在する生物の場合は、遺伝子ごとの発現量データの他に、転写物(mRNA)ごとの発言量データも得ることができます。さらにペアリード配列データでマッピングを行う場合は、ペアとなっている各リード配列のマッピング状況から、融合遺伝子の候補を予測することが可能です。

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・Advanced RNA-Seq


RNA-Seq遺伝子発現量データのサンプル間比較解析を行うための様々なツールが使用できます。各サンプルをグループごとに分類し、グループ間で統計的に有意に発現量が変動している遺伝子の検索や、統計データによるボルケーノプロットの表示、主成分分析や二次元クラスタリングとヒートマップ、さらに複数の比較データからベン図の作成、さらにGene Ontologyを用いた遺伝子発現解析が可能です。これらのツールでは、TMM法でデータの補正を自動的に行うので、シークエンスされたリード配列数が異なるサンプル同士のデータも、問題なく比較を行うことが可能です。

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・small RNA Analysis


small RNA Analysis ツールでは、small RNAのデータベースをリファレンス配列として使用し、各small RNAとmicroRNAの発現量を計算します。計算した発現量データは、専用の解析ツールを使用し、サンプル間のデータ補正と、グループ間の発現量比較を行うことが可能です。

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【エピゲノミクス解析】


・ChIP-Seq


クロマチン免疫沈降(ChIP)アッセイと次世代シークエンスを組み合わせることで、アッセイに使用した転写因子のゲノム配列上の結合部位を同定します。シークエンスされたリード配列データを、リファレンスゲノム配列にマッピングすることでピークが形成され、専用の解析ツールを使って、ゲノム配列上のすべてのピーク領域をピックアップします。その際、ChIPサンプルとは別にInput DNAなどのコントロールサンプルのシークエンスデータが存在する場合は、コントロールサンプルのデータを考慮して、ChIPサンプルからのピーク検出を行うことが可能です。

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・ピーク検出


検出されたピークの情報は、テーブル形式のデータとして表示されます。テーブルには、各ピークのゲノム配列上の位置とピークの信頼性、さらにピーク近傍の遺伝子名をアノテーションとして付加することが可能です。また、無償プラグイン「Advanced Peak Shape Tools」を使用することで、外部データに基づいたピーク検出なども行うことが可能になります。

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・Histone ChIP-Seq/Bisulfite Sequencing

無償プラグイン「Histone ChIP-Seq」「Bisulfite Sequencing」をインストールすると、それぞれヒストンアセチル化検出用の抗体を使用したChIP-Seq解析、バイサルファイトシークエンスで取得したリード配列データのマッピング、およびメチル化部位の検出を行うことができる様になります。

【De Novo シークエンシング解析】

・De Novo Assembly

De Novo Assemblyツールを使用することで、illumina社シークエンサーなどでゲノムをシークエンスして取得した、ショートリード配列データを用いたアセンブルを行い、コンティグ配列を作成することが可能です。ペアリード配列データによるScaffoldingにも対応し、コンティグ配列に自動的に付加されるアノテーション情報から、Scaffold領域などを用意に確認することができます。アセンブル実行時には、パラメータとして、Word size(k-mer)を任意の値に設定でき、さらに解析結果のレポートも作成され、コンティグ配列データのN50値やコンティグ配列数、平均と最大コンティグ配列長、さらに全コンティグ配列の総塩基数などが記載されているため、アセンブル結果を容易に評価することもできます。また、有償プラグイン「CLC Genome Finishing Module」をインストールすると、スモールサイズゲノムフィニッシング用の様々なツールや、PacBioシークエンサーのロングリード配列を用いたアセンブルなどが可能になります。

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・BLAST解析


De Novo Assemblyで作成したコンティグ配列データなど、各種配列データを使用して、BLASTによるデータベースの相同性検索を行うことが可能です。解析結果はテーブル形式で表示され、各コンティグ配列と最も相同性の高かったデータを、容易に確認することが可能です。また、有償プラグイン「Blast2GO PRO」をインストールすると、BLASTでヒットしたデータから、Gene Ontologyなどの遺伝子機能情報を取得したり、またそれらデータを使った遺伝子機能解析などを行うことが可能になります。

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【その他の機能】

・解析ワークフロー作成


複数のツールを組み合わせて解析を行う場合、使用するツールの順番などをワークフローとして登録することが可能です。各ツールのパラメータも任意に設定でき、データ解析をルーチン的に行う場合の解析パイプラインとして使用することができます。
 
・複数サンプルのバッチ解析


複数のサンプルデータが存在する場合、同一の解析条件で、全サンプルを一括して解析を行うことができます。ワークフロー機能と組み合わせることで、データ解析の作業効率を大幅に向上させることが可能です。

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・ゲノムデータのダウンロード


搭載のゲノムデータダウンロードツールを使用すると、主にモデル生物のリファレンスゲノム配列データを容易に取得することができます。ゲノム配列データ、アノテーションデータ、さらに公共データベースのSNPデータなども含み、どのデータをダウンロードするかを選択できます。また、NCBI GenBank専用のダウンロードツールも搭載し、アクセッション番号やキーワードを入力することで、NCBIに登録されているゲノムデータや配列データをダウンロードすることも可能です。
 
・リード配列データのトリミング/クオリティーチェック


インポートしたリード配列データに対して、配列内の低クオリティー領域やアダプター領域のトリミングを行い、各種データ解析に使用するためのクリーンデータを作成することができます。また、クオリティーチェック用のツールも搭載しており、各種クオリティーチェック項目をまとめたレポートを作成することが可能です。

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・サンプル情報のメタデータ


Excelなどで作成した、サンプルの詳細情報をまとめたファイルをメタデータとしてインポートし、各サンプルのシークエンスデータや各種解析結果データと関連付けることができます。関連付けられた各データは、メタデータ上から検索し、結果の表示などが可能です。
 
・各種プラグインのインストール


キアゲン社より提供されているプラグインを、本ソフトウェアにインストールを行うと、本ソフトウェアに新たな機能を追加することができます。プラグインは、ソフトウェア上から取得でき、有償のものと無償のもの、または別ソフトウェアのライセンスが別途必要になるものがあります。

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・SRAダウンロード

NCBIのSRA(Sequence Read Archive)にアクセスし、Accession IDやキーワードなどを指定してデータの検索を行い、登録レコードのリード配列データおよび各サンプルの詳細情報(メタデータ)のダウンロードが可能です。ダウンロードしたデータは、本ソフトウェアでそのまま解析に使用することができます。

(クリックして拡大)


サポートするファイルフォーマット


illumina社シークエンサー .fastq/.fq/.qseq(.bclには対応しておりません。)
Thermo Fisher Scientific社シークエンサー(Ion Torrent) .fastq/.fq/.sff/.bam
Thermo Fisher Scientific社シークエンサー(SOLiD) .fastq/.xsq/.csfasta/.qual
Roche社シークエンサー .sff/.fasta/.qual
Pacific Biosciences社シークエンサー .bas.h5 & .bax.h5/.fastq/.fq/.fasta/.fa/.fna
サンガーシークエンサー .ab/.abi/.ab1/.scf/.phd
その他 .fasta/.sam/.bam/.genbank/.gff/.gtf/.bed/.vcfなど


 CLC Workbench搭載機能比較一覧


CLC Workbench搭載機能比較一覧へジャンプ


 有償プラグイン


CLC Genomics Workbenchでは、別途ライセンスの購入が必要な有償プラグインがあり、代表的なものは、以下があります。
CLC Genome Finishing Module スモールサイズゲノム配列決定のフィニッシング、及びPacBioロングリード配列データのアセンブル
CLC Microbial Genomics Module 16S rRNA菌叢解析や全メタゲノム解析、および病原菌のタイピングと疫学解析
MetaGeneMark メタゲノムなどの微生物ゲノム配列からの遺伝子領域の予測
Blast2GO PRO BLASTによる相同性検索からの遺伝子機能アノテーション情報の取得および解析


トライアル版ライセンス、メーカー資料の取得


下記サイトより、本ソフトウェアのトライアル版ライセンスやユーザーマニュアル、データ解析のチュートリアル資料などを取得できます。

 
http://www.qiagenbioinformatics.com/products/clc-genomics-workbench/#Downloads


 バージョンアップ履歴、システム要件


下記サイトより、本ソフトウェアのバージョンアップ履歴やシステム要件を確認できます。

Latest Improvement(日本語): http://www.filgen.jp/Product/BioScience21-software/index-g-LI.html
Latest Improvements(英語): https://www.qiagenbioinformatics.com/products/clc-genomics-workbench/latest-improvements/current-line/
System Requirements: https://www.qiagenbioinformatics.com/system-requirements/

 
 
 



価格


商品名 数量 税別価格 Cat.#
CLC Genomics Workbench
(*1)
1固定永久ライセンス/アカデミック(*2)(*3) ¥688,000 F-CLC-GW
1固定永久ライセンス/コマーシャル(*2)(*3) ¥1,375,000 F-CLC-GW-C
1ネットワーク永久ライセンス/アカデミック(*2) ¥1,375,000 F-CLC-GWN
1ネットワーク永久ライセンス/コマーシャル(*2) ¥2,750,000 F-CLC-GWN-C
1固定年間ライセンス/アカデミック(*4) ¥344,000 F-CLC-GW1Y
1固定年間ライセンス/コマーシャル(*4) ¥687,500 F-CLC-GW1Y-C
CLC Genomics Workbench
現地取扱説明
1回(所要時間:4時間程度) お問い合わせください。 F-CLC-GWN-TR
CLC Genomics Workbench 解析システム ご指定のCLC Genomics Workbenchライセンスと
解析PCおよびインストール作業を含む
お問い合わせください。
*1: データベースからのデータのダウンロードを行うのに、インターネット接続が必要になります。
*2: 永久ライセンスには、購入後1年以内のソフトウェアのバージョンアップ及び、テクニカルサポートが含まれています。2年目以降のソフトウェアのバージョンアップ及び、テクニカルサポートにつきましては、別途保守契約(有償、定価の20%)が必要となります。テクニカルサポートは、電話、あるいは電子メールでの対応のみとなります。2年目以降のサポート&バージョンアップをご購入頂かなくても、ソフトウェアは継続してご使用になれますが、メーカーサポートは受けられなくなりますので、ご注意ください。サポート&バージョンアップの有効期間が切れた後でも、保守契約を更新することは可能ですが、有効期限の切れたところからさかのぼってご加入頂く必要がございますので、ご注意ください。
*3: 固定ライセンスは、CPUのコア数が64コア以上(ハイパースレッドを含む)のコンピューターやリモート操作のコンピュータ上では使用できません。これらのコンピュータでソフトウェアをご利用になりたい場合は、ネットワークライセンスをご購入ください。
*4: 年間ライセンスは購入後1年間のみ、ソフトウェアをご使用頂けます。また、使用期間中のソフトウェアのバージョンアップ及びテクニカルサポートも含まれております。なお、テクニカルサポートは、電話または電子メールのみの対応となります。


インテグレーションサービス&充実したサポート体制


【フィルジェンのインテグレーションサービス】
次世代シークエンサーから出力されるデータは膨大であるため、解析を行うコンピューターもそれに対応したスペックのものが必要となります。
「フィルジェンで適切なスペックのコンピューターを選択して、CLC Genomics Workbenchをプレインストールして販売してほしい。」というお客様のご要望にお応えし、メーカー推奨スペックのコンピューターにソフトウェアをプレインストールしたセット品の販売を行っております。
また、お客様のご希望にあわせたスペックのコンピューターでのセット販売にも対応いたしております。
お気軽に弊社までお問い合わせください。
<コンピューターの仕様例>
Large data sets Mapping解析用
(ヒト全ゲノム、エクソームなど)

OS Windows10(64bit)
メモリー 64GB RAM
HDD 8TB(SATA)
CPU インテル Xeon
E5-2650 v3プロセッサー
(2.30GHz, 10コア)×2
Small data sets Mapping解析用
(スモールサイズゲノム解析など)

OS Windows10(64bit)
メモリー 32GB RAM
HDD 4TB(SATA)
CPU インテル Xeon
E5-2620 v3プロセッサー
(2.40GHz, 6コア)×2
De Novo Assembly解析用
(ゲノムサイズ2Gb程度)

OS Windows10(64bit)
メモリー 128GB RAM
HDD 8TB(SATA)
CPU インテル Xeon
E5-2687W v3プロセッサー
(3.10GHz, 10コア)×2

【安心・充実のサポート体制】
安心・充実のサポート体制

ソフトウェアの価格には、購入後1年間のテクニカルサポートとアップグレードの費用が含まれております。この期間中は、ソフトウェアに関するご質問をメールまたはお電話にて承ります。また、期間中のソフトウェアのバージョンアップも無償で行えます。なお、期間中のソフトウェア(固定ライセンス)のPC移設にも対応いたします。2年目以降は、年間定価の20%(税別)をお支払いいただきますと、継続してテクニカルサポートとアップグレードサービスを受けることができます。

さらに、ソフトウェアをよりご活用していただくために、お客様のコンピューターを使用して、「CLC Genomics Workbench」の現地取扱説明会を有償で実施しております。
ご希望の場合は、弊社までお問い合わせください。



技術資料・セミナー資料


セミナー資料

CLC Genomics Workbench+Blast2GO ウェブセミナー(2017年4月24日)
・非モデル生物のRNA-Seq遺伝子機能解析
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー(2016年11月10日)
・RNA-Seq編
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー(2016年8月10日)
・エピゲノム解析編
CLC Genomics Workbench ハンズオントレーニング名古屋(2016年7月22日)
・微生物ゲノム編
Whole Genome Functional Profile
De Novo assembly &
CLC Genome Finishing Module
Microbiome Genomics Module
CLC Genomics Workbench ハンズオントレーニング名古屋(2016年7月21日/8月2日)
・RNA-Seq編
CLC Genomics Workbench ハンズオントレーニング名古屋(2016年7月20日)
・変異解析編
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー(2016年2月12日)
・遺伝子発現解析編
CLC Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー(2015年12月22日)
・変異解析編
フィルジェン-CLCバイオジャパン共催Webセミナー(2015年4月30日)
・CLC Genomics Workbench のアプリケーション及びバージョン8 新機能の紹介
フィルジェン-CLCバイオジャパン共催Webセミナー(2014年3月24日)
・CLC Genomics Workbench 7.0 新機能と改良版マッピングプラグインのご紹介
フィルジェン-CLCバイオジャパン共催セミナー(2012年12月11日,福岡)
・使いこなそうGenomics Workbench ! QCとトリミング
フィルジェン-CLCバイオジャパン共催セミナー(2012年12月11日,福岡)
・使いこなそうGenomics Workbench ! 変異解析と比較解析ツール

illumina Multiplex Data の取り扱い(PDF/1.74MB)

CLC Genomics Workbench アプリケーションノート

【メディカルゲノミクス】
 
肺がんアンプリコンシーケンス解析(日本語)
乳がん変異解析(日本語)
トリオ解析(英語)
難聴患者比較解析(英語)

【アグリゲノミクス】
 
3種ウシゲノム比較解析(英語)
植物トランスクリプトームペアエンドデータによるDe Novo解析(英語)
アラビドプシス発現解析(英語)

CLC Genomics Workbench ver.7.5 日本語簡易マニュアル
 
インポート
クオリティーチェック
マッピング
Local Realignment
変異検出(SNP Detection)
トリオ解析
RNA-Seq解析(発現解析)
ChIP-Seq解析
ワークフロー解析
De novo assembly解析

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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