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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェアProtein Metrics社製 質量分析用ソフトウェア>Byonic/Preview(Protein Metrics社製)

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+ Protein Metrics
Byos
Byonic


 弊社は、Protein Metrics 社の正規販売代理店です。

Protein Metrics社製品(タンパク質特性解析ソフトウェア)
Byonic
TM

修飾ペプチド・オリゴペプチド同定用ソフトウェア
Lineup / Byos / Byonic

概要


Protein Metrics社(アメリカ)のByonic
TMは、タンデムマス(MS/MS)データからペプチド及びタンパク質を同定するソフトウェアです。Modification Fine ControlTM や、Wildcard Search、Glycopeptide Searchといった3つの特徴的な機能を搭載し、高感度かつ包括的な修飾ペプチドの検索や、予期せぬ(または未知の)修飾の検証、グリコペプチドの探索を実行することが可能です。
付属のビューワー(Byonic
TM Viewer)で検索結果をインタラクティブに検証することが可能です。さらに、補助ツールであるPreviewTM を用いることで、検索条件をより効率的に設定できます。

トップダウンおよびボトムアップのサーチ機能
Modification Fine ControlTMによる、20種類以上の修飾の高感度かつ迅速な検索
Wildcard Search による、未知の修飾の検索
糖ペプチド検索
ジスルフィド結合と架橋構造の同定
シークエンスバリアント検索および修飾部位の特定
あらゆるタイプのフラグメントに対するスコアリングモデル:CID, TOF-TOF, QTOF HCD, ETD/ECD, EThcD, UVPD, NUVPD
付属のビューワーによる検索結果の閲覧
エクセルファイルによる検索結果の共有
補助ツールとの連携による解析の半自動化


Byonic


●使い易いユーザーインターフェイス

●インプットデータの指定: マスデータ、タンパク質データベース
* インプット可能なデータファイルについては、「Byonic(TM)/Preview(TM)対応ファイルフォーマット」をご覧下さい。

●検索する修飾の設定: Modification Fine ControlTM

●予期せぬ(または未知の)修飾の検索の設定: Wildcard Search


●グリコペプチド検索の設定: Glycopeptide Search

●その他オプションの設定: 消化特異性、フラグメントタイプ etc.

【Modification Fine ControlTM

検索する修飾情報をリストから設定
修飾リストは、Unimodをサポート
リストに登録されていない修飾は、マニュアルで設定可能
修飾タイプは、FixedとVariable(common, rare)の3種類
Variableをcommonとrareに分けることで、検索時間を短縮

*右表は、Protein Metrics社アプリケーションノート「Modification Fine ControlTMより抜粋・編集。

【Wildcard SearchTM

予期せぬ修飾、または未知の修飾の検証
オプションにチェックを入れ、mass delta 設定するだけで実行
検索するアミノ酸残基を指定することも可能

本機能によって見出されたマスシフトが、未報告の新規修飾を示唆することがあります。
Protein Metrics社は、M[+33.969](homocysteic acid)を明らかにしました(Bern, et al. 2010)。

Bern M, Saladino J, Sharp JS. Conversion of methionine to homocysteic acid in heavily oxidized proteomics samples. Rapid Commun Mass Spectrom. 2010; 24:768-772

【Glycopeptide Search】

グリコペプチドの検索
N-結合型およびO-結合型の両方をサポート
特定のグリカン組成を指定するか、グリカンデータベースを選択して検索
ユーザーの作成したグリカンデータベースも利用可能

本機能は、グリカン組成のレベルでグリコグリコペプチドを特定します。

【その他の機能(一部紹介)】

消化部位や特異性の設定
許容する質量誤差の設定
フラグメントタイプの設定
一般的なフラグメントタイプをサポート:
CID, HCD, QTOF, ETD, EThcD etc.
ジスルフィド結合、トリスルフィド結合ペプチドの検索
その他クロスリンクペプチドの検索

【ByonicTM Viewer】

ByonicTMによる検索結果を閲覧するためのビューワー
Protein List, Peptide Coverage Map, Peptide List, Spectrum の4画面から構成
ヒットしたタンパク質・ペプチド情報やp-valueなどの統計値、検出された修飾基および修飾部位、スペクトルなどの閲覧


【エクセルデータ】

ByonicTMは、検索結果をビューワー用データ以外にも、エクセルデータとして出力:
Summary, Spectra, Proteinの3つのシートから構成
Summaryでは設定した検索条件を確認することが可能



PreviewTM(ByonicTM補助ツール)


Previewは、Byonicでの解析を補助するコンパニオンツールです。Previewは、Byonic検索用パラメーターファイルを作成しますが、他にもサンプル中に最も多く認められた上位10種類のタンパク質やマスエラー、消化特異性、見出された修飾の種類などの情報も得られます。また、Previewにはプリカーサー及びフラグメントのリカリブレーション機能が内臓されているため、リカリブレーションを実行したマススペクトルデータも出力されます。

ByonicTMによる検索を補助するツール
ByonicTM用の検索パラメーターファイルの作成
ByonicTMとの連携による解析の半自動化


【機能】

消化部位や特異性の設定
フラグメントタイプの設定: CID/HCD, ETD/ECD
Fixed modificationの設定: Carbamidomethylation, iTRAQ, TMT etc.
その他オプション

【アウトプット:ByonicTMパラメーターファイル, HTMLファイル】

PreviewTMを実行すると、ByonicTMパラメーターファイルが出力されます。
パラメーターファイルを開くと、各パラメーターの設定されたByonic(TM)が起動します。
解析者は、設定されたパラメーターをレビューし、必要に応じて編集します。
PreviewTMを実行すると、HTMLファイルが出力されます。
HTMLには、様々な情報が含まれています。
-ヒットした上位10個までのタンパク質
-プリカーサー及びフラグメントの質量誤差
-普遍的に認められた修飾など
 
   


ByonicTM/PreViewTM 対応ファイルフォーマット

データタイプ ファイル形式
マス スペクトルデータ .raw, .d, .lcd, .wiff
タンパク質データベース .fasta


ByonicTMデモライセンス(30日間)

全機能をご利用いただける、30日間有効なライセンスが用意されています。サンプルデータも収録していますので、直ぐに機能をお試し頂けます。デモライセンスをご希望される場合、弊社までお問い合わせください。(biosupport@filgen.jp)


System Requirements


こちらをご確認ください。


価格


商品名 ライセンスタイプ 税別価格 Cat.#
ByonicTM アカデミック(年間ライセンス) お問合せ PM-BNC16-A
コマーシャル(年間ライセンス) お問合せ PM-BNC16-C
* 本ソフトウェアは、年間ライセンスです。

お問い合わせ バイオインフォマティクス部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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