製品・サービス情報
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Abrinca Genomics社製品 微生物ゲノム用デジタル菌株コレクションおよび比較ゲノム解析ソフトウェア
Arx （旧 Open Genome Browser） |
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Arx は、微生物ゲノムのためのデジタル菌株コレクションソフトウェアです。微生物全ゲノムデータへのアクセスを管理し、比較ゲノム解析を大幅に簡素化する、セルフホスト型の微生物分離株の管理およびデータ解析プラットフォームです。一般的に使用されるバイオインフォマティクスワークフローを自動化し、特にバイオインフォマティクスの専門家でない研究者が、直感的な方法で便利かつ高速なデータ探索を行うことができる様に設計されています。また、Abrina
社の最先端のアセンブリおよびアノテーションパイプライン（Aditus）と組み合わせることで、デジタル化の未来を見据えた微生物分離株を保有する企業や研究機関にとって非常に有用なプラットフォームとなります。本ソフトウェアは土壌細菌、動物病原菌、食品安全、食品発酵など、多岐にわたる用途で菌株コレクションの
Dx 化へ活用することができます。 |
 パイプラインの概要とデジタル菌株コレクション
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Arx を含めた本パイプラインは、ロングリードをハイスループットでアノテーション付きのゴールドスタンダードアセンブリに変換します。ロングリードが主流になりつつある一方で、ゲノムアセンブリは依然として課題が多く、コンタミネーション、プラスミドの欠落、配列の環状化の失敗といった問題が頻繁に発生しています。このパイプラインは、Aditus
によってゲノムアセンブリにおける最良な方法とユーザーインターフェースに基づいたキュレーションステップを組み合わせ、わずか数時間で数百ものゴールドスタンダードアセンブリを半教師あり学習で作成することを可能にします。最終的に、ゲノムはアノテーション付けされ、Arx
へのインポートとさらなるデータ解析の準備が整います。
微生物ゲノムの可能性は、研究者へのデータ提供方法によってしばしば制限されます。多くの場合、菌株コレクションには、BLAST などの基本的なバイオインフォマティクスツールを用いたインデックスが付属しています。Arx
は、この状況を変えることを目指しています。Arx は、完全な微生物ゲノムデータへのアクセスを管理し、比較ゲノム解析を大幅に簡素化するデータ解析プラットフォームです。特にバイオインフォマティクスの専門家でないユーザー向けに、一般的に使用されるバイオインフォマティクスワークフローを自動化し、直感的で便利かつ迅速なデータ探索を可能にする様に設計されています。アセンブリファイルとアノテーションファイルを体系的に保存し、これらのファイルの比較ゲノム解析に役立つ解析機能（パスウェイ、ゲノム比較、系統樹、アノテーション検索、ドットプロット、フラワープロット、遺伝子特性マッチング、BLASTなど）を使用することで、微生物ゲノム研究の効率とアクセス性を包括的に向上させます。また、本ソフトウェアは、顧客のインフラストラクチャにホストできるため、顧客自身の微生物データを最適に保護できます。 |
 Arx の主な機能
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◆パスウェイ
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紐づけられたアノテーション情報に従って、パスウェイ図上の遺伝子に色を付けることができます。複数のゲノムグループを比較した場合、パスウェイ中の図形はグループ数と同じ数の色分けに分割されます。図形をクリックすると、含まれているアノテーションをどのゲノムがカバーしているかがわかります。 |
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◆ゲノム比較
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ヌクレオチドまたはタンパク質の配列アライメントを計算し、クエリした遺伝子やその隣接する遺伝子座を比較できます。結果のプロットでは、ズームやパンが可能であり、任意の遺伝子をクリックして詳細情報を取得することもできます。 |
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◆系統樹
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シングルコピーオルソログベース、ANI ベース、NCBI-TaxID ベースなど、様々なアルゴリズムを使用して系統樹を生成し、表示することができます。 |
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◆アノテーション検索
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どのゲノムがどのアノテーションをカバーしているかをすばやく検出します。ゲノム内でアノテーションを持つ遺伝子数を表したカバレッジマトリックスを作成することができ、数字をクリックすると、その遺伝子が表示されます。 |
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◆Blast
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NCBI の BLAST アルゴリズムを使用して、ゲノムアセンブリ内または特定された遺伝子とタンパク質内のヌクレオチドまたはタンパク質配列を探索します。 |
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◆ドットプロット
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2つのアセンブリを比較し、類似領域や反復領域、構造変化を見つけます。このツールでは、ズームインして遺伝子を表示できます。 |
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◆フラワープロット
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ゲノムセットに関して、特定のゲノムに固有、少なくとも2つのゲノムで共有されている、すべてのゲノムに存在するオーソログを探索します。 |
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◆遺伝子特性マッチング
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遺伝子特性マッチングは、観察された表現型の原因となる可能性のある遺伝子を特定するための効果的なアプローチです。
あるゲノムグループに他のグループにはない特定の特性がある場合、あるグループに存在し、他のグループには存在しない相同遺伝子（または機能アノテーション）を検索します。 |
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 対応データ・解析環境
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◆セルフホスト型
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顧客のインフラストラクチャでホストできるため、独自の微生物データを最適に保護できます。
サーバー側のPCのみ Linux x64、docker、docker-compose-plugin の環境が必要です。 |
◆アップロード時のファイルフォーマット
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Prokka や Bakta または NCBI's PGAP 由来の 3 ファイル
.fna： assembly (FASTA)
.gbk： GenBank file
.gff： General feature format file
eggNOG 由来のアノテーションファイル |
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 デモ版ライセンス
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弊社（ ）までお問合せください。 |
価格
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| 商品名 |
ライセンスタイプ |
ユーザー数 |
税別価格 |
カタログ＃ |
Aditus
アセンブリおよびアノテーションパイプライン |
ゲノムあたりの処理に依存 |
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お問合せ |
F-ADTS-（ゲノム数） |
| Arx Software |
アカデミック、新規1年間ライセンス |
1 |
お問合せ |
F-ARXNA-(構築内容) |
| コマーシャル、新規1年間ライセンス |
1 |
お問合せ |
F-ARXNC-(構築内容) |
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本ソフトウェアは、年間ライセンスです。 |
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ソフトウェアにインポートするサンプル数をご指定頂く必要があります。 |
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初回購入時には、メーカーによるセットアップ費用が含まれています。 |
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ユーザー数を追加することも可能です。詳細はお問合せください。 |
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解析には、インターネット接続環境が必要です。 |
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テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみです。 |
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弊社から販売するソフトウェアは、研究利用のみ使用可能です。 |
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