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次世代シークエンシング(次世代シーケンシング)サービス
ヒト全ゲノムシークエンス 受託解析サービス
フィルジェンでは、Novogene社との業務提供し、次世代シークエンスサービス/ヒト全ゲノムシークエンス受託解析サービスをご提供しています。ワールドスタンダードとなった次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア”CLC Genomics Workbench(CLC bio社)”も販売いたしております。

概要


全ゲノムシークエンシング(WGS)は、一度の解析で個人の有する変異を網羅的に検出することが可能であり、がんを含む様々な疾患研究、ゲノム薬理学、集団遺伝学など幅広い分野で利用されています。弊社提携先であるNovogeneは、30の強力な illumina HiSeq X 及び、25の NovaSeq6000システムにより、年間最大280,000のヒトゲノムの解析を、より低価格で実施することを実現しています。

特長


・次世代シークエンステクノロジーによる全ゲノムシークエンス
・かつてないハイスループットによる低コスト化の実現
・バイオインフォマティクス解析にも対応(有償オプション)


サービス内容


ご送付いただいたDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティックス解析は、提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ、又は弊社の提供するデータマイニングサービスからお選び頂けます。

【シークエンスプラットフォーム】
 illumina NovaSeq6000 / HiSeq X Ten, PE150

【保証データ量】
 90Gb raw data/sample
 ※データ量の保証は、QCチェックに合格したサンプルに限られます。

【作業内容】
 1. サンプルQCチェック
 2. ライブラリー作製
 3. シークエンス作業
 4. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)

【バイオインフォマティクス解析】
 <解析パッケージ>
  マッピング、変異検出、検出された変異へのアノテーションの各解析をまとめたパッケージをご用意しております。
ヒト全ゲノムシークエンス
 同一個体由来のTumor-Normalペアサンプルの場合、50somatic mutation の検出及びアノテーションも実施いたします。
 ※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。

 <解析データ例>


   Pie charts of detected SNPs(top) and InDels(bottom).


   Bar plots of detected SVs.


  Statistics of detected CNVs.


  Annotation Results of detected variants(a bridged).

 ※ご希望される方には、デモレポートをお送りしておりますので、ご連絡ください。(biosupport@filgen.jp

 <データマイニングサービス(次世代シークエンシングデータ解析サービス)>
  「次世代シークエンシングデータ解析サービス」のページをご参照ください。



納品物


 ・サンプルQCレポート
 ・FASTQ形式のシークエンスデータ
 ・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合)
 ・プロジェクトレポート
 ・次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア「CLC Genomics Workbench」の2週間試用ライセンス
 ※USB等の記録メディアにて納品いたします。
 ※プロジェクトによっては、納品物が変更される場合があります。


サンプル条件

サンプルタイプ Amount(Qubit) 液量 濃度 純度(NanoDrop)
推奨量 最小量
ゲノムDNA ≧2μg ≧1μg ≧20μL ≧20ng/μL O.D.260/280=1.8-2.0
no degradation or RNA contamination
1. 電気泳動写真を添付してください。
※推奨泳動条件: 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
3. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
4. ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。
※長期保存の場合は、-20℃又は、-80℃で保存してください。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、DNA濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
※UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、予めご了承ください。


価格・納期

【価格】

サービス内容 数量 税別単価 *1 Cat.#
ヒト全ゲノムシークエンス受託解析サービス
(90Gb raw data/sample)
1サンプル お問合せ F-Novo-WGS90
ヒト全ゲノムシークエンス受託解析サービス
(90Gb raw data/sample)
バイオインフォマティクス解析付
1サンプル お問合せ F-Novo-WGS90D
* 90Gb以上をご希望の場合は、別途お問合せください。
*1  海外へのサンプル輸送費用および納品用ハードディスク費用が別途必要です。

【納期】
 約1.5ヶ月(バイオインフォマティクス解析付: 約2ヶ月)
 ※納期は、QCチェック合格後となります。
 ※年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数をいただく場合がございますこと、予めご了承ください。


サービスの流れ


 「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。



ご注意事項


本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
サンプルの品質チェック(QCチェック)の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。
ご提供いただいたサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了後に破棄されます。)
生データを含む解析結果は、発送から3ヶ月後に消去いたします。
サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受け入れが不能又は拒否されたりする場合があります。


【関連サービス】
クリニカルシークエンスデータ解析サービス
ヒトサンプルの遺伝子変異データに対して、各種データベースのアノテーションデータやサンプルの臨床情報を対応付けし、有意な変異の検出および遺伝医学者(MD)がサインしたクリニカルレポートの作成を行います。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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