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次世代シークエンシング(次世代シーケンシング)サービス
ChIP-Seq 受託解析サービス
フィルジェンでは、Novogene社との業務提携により、次世代シークエンスサービス/ChIP-Seq受託解析サービスをご提供しております。
ChIP-Seq解析は、特定のタンパク質-DNA複合体を回収するためのクロマチン免疫沈降(ChIP)の選択性と、回収したDNAのハイスループットな配列決定のためのNGSの力を兼ね備えており、ヒストン就職、転写因子およびその他のDNA結合タンパク質の標的DNAについて、ゲノムワイドなプロファイリングが可能です。
ワールドスタンダードとなった次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア”CLC Genomics Workbench(CLC bio社)”も販売いたしております。


概要


ChIP-Seq 受託解析サービスでは、クロマチン免疫沈降(ChIP)により得られたDNA断片をシークエンシングし、ゲノム配列上にマッピングすることで、ピーク領域の検出を行います。マイクロアレイを用いたChIP-chip解析と比較してサンプル量が少なく、高い解像度で解析結果を得ることができ、コストパフォーマンスにおいても優れています。
高品質なシークエンシング(シーケンシング)および包括的なバイオインフォマティクス解析により、遺伝子制御、転写複合体アセンブリ、ヒストン修飾、発生メカニズムおよび疾患経過などのアプリケーションに対応しています。


サービスの仕様

使用機種 illumina HiSeq 2500
ライブラリー種類 SE50
保証データ量 20 M reads/30 M reads/40 M reads
作業内容 サンプルQCチェック, ライブラリー作製, シークエンス作業, バイオインフォマティクス解析(オプション)
納品データ
(標準)
HDD/USB(NTFSフォーマット)にて、以下のデータを納品
・シークエンスデータ(.fastq)
・解析データ(.bam, .gtf, .xls, .txt)
・解析レポート(.pdf, .html)
*解析データおよびレポートは、バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合に納品
最低注文数 2サンプル
納期(標準) 約2ヶ月(バイオインフォマティクス解析付: 約2.5ヶ月)
* 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。QC結果やライブラリー作製などの問題で、再度サンプルをお送りする場合は別途送料(海外)をご請求させて頂きます。

illumina HiSeq 2500

必要サンプル量
サンプル ・ChIP-DNA: 50ng以上(100ng以上を強く推奨)
 *Fragment size: 100-500bp
・容量: 10μL以上
・濃度: 5ng/uL以上
・O.D.260/280: 1.8-2.0
・Buffer: TE Buffer
1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
*電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 0.5% TBE solution; 180V for 16 min.
2. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
3. DNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferにて保存してください。
*長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
4. キャリアを入れて、エタノール沈殿する場合、Salmon sperm DNAなどDNAベースのキャリアを使うことは避けてください。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNA, dsDNA, ssDNA, フリーの核酸等も同時に検出するため、ゲノムDNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
*UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。

解析ワークフロー 



データ解析例


【Quality control result】


【Strand cross-correlation evaluation curve】
【Peak width distribution】

【Motif prediction results】

価格

サービス名 数量 税別単価 1) Cat.#
ChIP-Seq 受託解析サービス
(20 M reads)
2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP20-(サンプル数)
ChIP-Seq 受託解析サービス
(30 M reads)
2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP30-(サンプル数)
ChIP-Seq 受託解析サービス
(40 M reads)
2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP40-(サンプル数)
ChIP-Seq 受託解析サービス
(20 M reads) 標準データ解析込
2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP20D-(サンプル数)
ChIP-Seq 受託解析サービス
(30 M reads) 標準データ解析込
2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP30D-(サンプル数)
ChIP-Seq 受託解析サービス
(40 M reads) 標準データ解析込
2サンプル以上 お問合せ F-Novo-ChIP40D-(サンプル数)
 1)海外へのサンプル輸送費用およびハードディスク/USBメモリー費用が別途必要です。

 
お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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