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次世代シークエンシング(次世代シーケンシング)サービス
ヒト全ゲノムメチル化 受託解析サービス
(ヒト全ゲノムバイサルファイトシークエンス)
フィルジェンでは、ヒト全ゲノムメチル化受託解析サービスをご提供しております。Novogene社との業務提携により、サービスをご提供しております。

概要


DNAのメチル化は、細胞の増殖および分化において、遺伝子発現の制御に重要な役割を果たし、癌、神経変性疾患および神経疾患など、多くの疾患の発症に関与しています。
ヒト全ゲノムメチル化受託解析サービスでは、バイサルファイト処理したゲノムDNA全体を次世代シークエンシングすることで、網羅的かつ詳細にメチル化を把握することができます。



サービスの仕様

使用機種 illumina HiSeq X Ten
ライブラリー種類 PE150
保証データ量 90Gb
作業内容 サンプルQCチェック, ライブラリー作製, バイサルファイト処理, シークエンス作業, バイオインフォマティクス解析(オプション)
納品データ
(標準)
HDD/USB(NTFSフォーマット)にて、以下のデータを納品
・シークエンスデータ(.fastq)
・解析データ(.bigWig, .xls, txt)
・解析レポート(.pdf, .html)
*CLC Genomics Workbench 2週間試用ライセンス付属
*解析データおよびレポートは、バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合に納品
最低注文数 1サンプル
納期(標準) 約2.5ヶ月
* 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。QC結果やライブラリー作製などの問題で、再度サンプルをお送りする場合は別途送料(海外)をご請求させて頂きます。

CLC Genomics Workbenchの
2週間試用ライセンスを付属
CLC bio社のCLC Genomics Workbenchは、あらゆるメーカーの次世代シークエンサーのデータ解析に対応し、アセンブルやマッピングなど、様々なアプリケーションデータ解析が可能な統合解析ソフトウェアです。
詳細

ライブラリー作製


データ解析パイプライン


必要サンプル量

・ゲノムDNA
 ゲノムサイズ1.5Gb以下の場合: 3μg以上(6μg以上を強く推奨)
 ゲノムサイズが1.5Gb-3.5Gb以下の場合: 6μg以上(12μg以上を強く推奨)
・容量: 20μL以上
・濃度:20ng/μL以上
・O.D.260/280: 1.8〜2.0
・O.D.260/230: 1.6以上
・Buffer: TE BufferまたはddH2O
1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
*電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
3. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
4. ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferまたはddH2Oにて保存してください。
*長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNA, dsDNA, ssDNA, フリーの核酸等も同時に検出するため、ゲノムDNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
*UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。

illumina HiSeq X Ten

標準データ解析例


標準データ解析レポート(HTML形式のレポート)には、実験手順、シークエンスデータのクオリティー情報、アライメント結果、メチル化シトシンの同定、メチル化レベル、DMR解析などの結果がまとめられています。



価格

サービス内容 数量 税別単価 1) Cat.#
ヒト全ゲノムメチル化受託解析サービス(90Gb)
標準データ解析付
  
1サンプル お問合せ F-Novo-BS90
 1)海外へのサンプル輸送費用およびハードディスク費用が別途必要です。

 
お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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